Identificação e anotação funcional de variantes de genes candidatos associados ao perfil de ácidos graxos em bovinos
| dc.contributor.author | Vieira, João Inácio Gomes | |
| dc.contributor.institution | Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri (UFVJM) | pt_BR |
| dc.date.accessioned | 2025-03-21T21:53:57Z | |
| dc.date.issued | 2022 | |
| dc.description | Banca de defesa: Verardo, Lucas Lima; Silva, Danielly Bernaldo dos Santos; Magalhães, Ana Fabrícia Braga; Silva, Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da (Orientador: Verardo, Lucas Lima/Coorientadores: Magalhães, Ana Fabrícia Braga; Silva, Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da). Data de defesa: 2022-09-02 O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001. Agência financiadora: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG) - Projeto nº APQ-01834-18. | pt_BR |
| dc.description.abstract | A criação de bovinos evoluiu de maneira expressiva nos últimos anos, pressionada por um mercado cada vez mais exigente por produtos saudáveis e produzidos de forma sustentável, portanto, o estudo do perfil de ácidos graxos presentes na carne dos bovinos vem ganhando destaque nos grupos de pesquisa em todo o mundo. Existe uma demanda em compreender melhor quais mecanismos biológicos estão atuando na expressão dos diferentes fenótipos relacionados ao perfil de ácidos graxos. Objetivou-se com este estudo realizar a identificação de variantes (SNVs/InDels) via ressequenciamento genômico em genes candidatos para perfil de ácidos graxos descritos em estudos ômicos (Genômica, transcriptômica e proteômica) com bovinos de corte. A partir de dados de ressequenciamento de raças bovinas de dupla aptidão (Caracu e Pantaneiro), foi realizado a identificação de variantes SNVs e InDels (N= 2.197.685) associadas a 23.947 genes. Para a identificação dos genes candidatos para perfil de ácidos graxos, foi realizado inicialmente, uma revisão sistemática utilizando a ferramenta de busca “web of Science”. Um total de 8 combinações entre palavras-chave foram realizadas, resultando em 15 artigos selecionados e definidos como grupos (G1 a G15). Por meio dos estudos conduzidos após a revisão sistemática foram identificados 318 genes com variantes, os quais foram utilizados para filtrar os genes contendo SNVs e InDels em cada raça. A partir da rede de gene-processo biológico 12 genesficaram em destaque no G1; 3 genes se destacaram no G8; e finalmente 4 genes no G13. Com base nos processos biológicos associados ao perfil de ácidos graxos, em conjunto com a revisão de literatura, foram selecionados também os principais fatores de transcrição (TF) relacionados com a característica (TF-chave) (STAT3, HNF1A, BRCA1, PPARG e HNF4A). A partir da análise funcional via rede gene-TF, 30 genes candidatos mais prováveis para perfil de ácidos graxos em bovinos foram selecionados. Genes que se destacaram nas redes e que tiveram uma importância biológica na literatura, foram utilizados para uma dissecação mais profunda (LIPE, MFSD2A e SREBF1), foram observadas 9 e 15 novas variantes na região promotora em Caracu e Pantaneiro respectivamente. Destas, 5 foram em comum nas duas raças, 4 específicas do Caracu e 10 do Pantaneiro. As redesgene-processo biológico e gene-TF possibilitaram um melhor entendimento funcional dos genes e TF, nos quais foram identificadas variantes com possíveis papéis funcionais na expressão de genes candidatos para perfil de ácidos graxos em bovinos. | pt_BR |
| dc.description.abstracts | The evolution of cattle breeding in recent years has been remarkable, driven by a market demanding healthier meat, low costs, and respect for the environment. In this context, meat fatty acids profiling has gained prominence in research groups around the world. It is crucial to better understand the biological mechanisms influencing the expression of different phenotypes related to fatty acid profiles. The objective of this study was to identify DNA variants (SNVs/InDels) through genomic resequencing of candidate genes related to fatty acid profiles described in genomic transcriptomics and proteomics studies conducted in several beef cattle breeds. Based on resequencing data from Brazilian locally adapted dual-purpose bovine breeds, Caracu and Pantaneiro, single-nucleotide variants (SNVs) and InDels (N=2,197,685) associated with 23,947 genes were identified. A systematic review was initially carried out using the “Web of Science” search tool to identify candidate genes for the fatty acid profile. A total of eight keyword combinations were used, resulting in 15 selected papers, defined as groups G1 to G15. Through the studies conducted after the systematic review, 318 genes with variants were identified and used to filter the genes containing SNVs and InDels in each breed. From the genebiological process network, 12 genes were highlighted in G1; three genes stood out in G8; and four genes in G13. Based on the biological processes associated with the fatty acid profile and the literature review, the main transcription factors (TF) related to fatty acidswere also selected (e.g., STAT3, HNF1A, BRCA1, PPARG, and HNF4A). Through functional analysis via the gene-TF network, the 30 most likely candidate genes for fatty acid profiling in cattle were selected. LIPE, MFSD2A, and SREBF1 genes, which stood out in networks and demonstrated biological importance in the literature, were used for a deeper dissection, and nine and 15 new variants were found in the promoter region for Caracu and Pantaneiro samples, respectively. Among these, five were common to both breeds, four were specific to Caracu, and 10 to Pantaneiro. The gene-biological process and gene-TF networks enabled a better functional understanding of the genes and TFs, identifying variants with potential functional roles in the expression of candidate genes for fatty acid profiles in cattle. | en |
| dc.description.sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG) | pt_BR |
| dc.description.thesis | Dissertação (Mestrado) – Programa de Pós-Graduação em Zootecnia, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2022. | pt_BR |
| dc.identifier.citation | VIEIRA, João Inácio Gomes. Identificação e anotação funcional de variantes de genes candidatos associados ao perfil de ácidos graxos em bovinos. 60 p. Dissertação (Mestrado) – Programa de Pós-Graduação em Zootecnia, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, Diamantina, 2022. | pt_BR |
| dc.identifier.uri | http://localhost:4000/handle/123456789/3575 | |
| dc.language.iso | por | |
| dc.publisher | UFVJM | pt_BR |
| dc.rights | Open Access | en |
| dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 4.0 Brazil | en |
| dc.rights.license | A concessão da licença deste item refere-se ao à termo de autorização impresso assinado pelo autor, assim como na licença Creative Commons, com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri e o IBICT a disponibilizar por meio de seus repositórios, sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, e preservação, a partir desta data. | pt_BR |
| dc.rights.uri | https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.pt | |
| dc.subject | Bovinos | |
| dc.subject | Redes gênicas | |
| dc.subject | Pós-ômicas | |
| dc.subject | Bovine | |
| dc.subject | Gene networks | |
| dc.subject | Post-Omic. | |
| dc.title | Identificação e anotação funcional de variantes de genes candidatos associados ao perfil de ácidos graxos em bovinos | pt_BR |
| dc.type | Thesis | en |